El municipio de Rafael Delgado está constituido por las congregaciones de Jalapilla, Tzoncolco y Omiquila; por las comunidades de San Miguel, Novillero, Las Sirenas, Boquerón, La cumbre, San Isidro, así como por la cabecera municipal que a la vez se divide en cinco barrios: Primero, Segundo, Tercero, Cuarto y Quinto.
Jalapilla, Tzoncolco y Omiquila
Antes de hablar de las congregaciones es importante dejar aclarado que las sesenta familias que bajaron de Tzoncolco Tlácpac ó San Juan Tzoncolco no llegaron a asentarse en los actuales ejidos “San Juan del Río” y de Jalapilla, sino en el rincón selvático de lo que hoy es la demarcación de la cabecera municipal.
El lugar era muy feo y nadie lo ocupaba ni siquiera para recoger leña, a pesar de que era parte de la enorme propiedad de los hacendados de entonces. Los labriegos empleados de los dueños del ingenio de azúcar leñaban principalmente en los que hoy son ejidos todavía, es decir, en las áreas comprendidas del río Matzinga a las áreas ejidales.
La cabecera municipal de Rafael Delgado es el asiento del núcleo poblacional más numeroso en la actualidad debido a que fue el punto principal donde se ubicaron las sesenta familias que descendieron de Tzoncolco en 1695.
