A petición suya y facultadas por la justicia de Orizaba y por el gobierno superior de la Nueva España, alrededor de sesenta familias descendieron de las montañas y fundaron el pueblo hace poco más de trescientos años.
A diferencia de los aztecas, que se detuvieron en las inmediaciones de un gran lago para posteriormente fundar su pueblo en medio de la zona lacustre del Texcoco, los pobladores de Tzoncolco se establecieron en las orillas del Río Tlilapan, cuyas aguas y corrientes simbolizaban, para los nuevos habitantes, abundancia y vida cómoda, como el gran Nilo, en su momento, para los egipcios.
La razón principal que se esgrimió para el traslado era que el pueblo ocupaba un paraje inadecuado e inhóspito, pues, a decir verdad, no tenía tierras cultivables ni agua para su subsistencia. En el aspecto religioso, las condiciones también dificultaban el otorgamiento de los santos sacramentos.
Cuando el pueblo de San Juan Tzoncolco inició la gestión de mudarse a la zona baja, esta área tenía tres denominaciones principales: Chiahualpa, Teposchicoya y Cuáhtlatli, aunque estos dos últimos topónimos pertenecían realmente a algunos cerros del selvático sitio de Chiahualpa. Al momento de instalarse las primeras familias en el lugar, los viejos nombres se fueron opacando lentamente por la novedosa denominación de San Juan del Río.
El topónimo obedecía a motivos religiosos. Era San Juan Tzoncolco porque en el pueblo, a causa del proceso de evangelización cristiana, los españoles ya habían entronizado al patrono de San Juan Bautista. Cuando la gente se mudó a Chiahualpa se sobrentiende que la Iglesia también trasladó al nuevo lugar a la efigie del santo. Por la cercanía del cause fluvial, ahora Chiahualpa o Teposchicoya tomó el nombre de San Juan del Río, aunque existía la posibilidad de llamarse también San Juan Chiahualpa o San Juan Teposchicoya.
Actualmente Tzoncolco es congregación del municipio de Rafael Delgado, y se ubica al lado Poniente del municipio de Tlilapan, a una distancia aproximada de cuatro kilómetros, en las laderas de las montañas de la sierra.